在工作中有时需要NTP服务器向各用户设备发出统一的启动信号，或者向用户设备送出特殊标志信号，以备事后查找某些特殊事件的发生时刻等，因此在B码中安排有特标控制码元。对主站工作或独立站工作的NTP服务器，其特标控制码元为索引计数76,77,78所对应的3个码元。对于处于副站工作位置的NTP服务器，由于要求其在接收到主站设备送来的特标控制信息后，即在本时帧向其用户送出特标控制信息，因此副站的特标控制码元为索引计数96,97,98所对应的3个码元。

特标控制码元在平时为000，即表示没有特标控制信息。当NTP设备由人工控制按下特标控制按钮后，连续在两个时帧中发出特标控制信息，帧为111，第二帧为101.连续发两帧是为了增加特标控制信息传输的可靠性，如果帧中的特标控制信息由于传输引起误码未能正常接收，还可以接收随后发出第二帧中的特标控制信息。对于处于副站工作状态的NTP服务器应该在首次收到主站特标控制信息的该帧B码信号中发出副站的特标控制信息。

NTP服务器的用户在接收到特标控制信息后，应在该帧B码的下一秒整秒时刻处，输出一个80ms宽的特标信号供用户使用。由于特标控制信息连发两帧，而用户只应该产生一个特标信号。因此规定用户收到帧特标控制信息而产生特标后，应保证即使第2帧特标控制信息正确收到也不产生特标信号。